1.復雜地層條件
　　湖州打水井：在實驗室研究過程中，為了更好地模擬地層情況，研究人員將巖心浸泡在水、鹽水、原油和天然氣中，對巖心施加水平和垂直應力進行實驗研究。結果表明，激光作用于浸泡在流體中的巖心的比能值大于干燥巖心的比能值，即流體在激光作用于巖石的過程中起到了阻擋作用，使得激光去除單位體積的巖石更加耗能。當激光作用于浸泡在流體中的巖石時，會產生氣體。氣體的數量和成分也需要研究。雖然地層應力對比能值影響不大，但在地層條件下，比能值在應力、熱和流體浸泡的共同作用下如何變化，還需要進一步研究?！坝纱丝梢?，復雜的地層環境將對激光打孔技術的應用提出嚴峻的挑戰。

　　2.井眼清潔
　　因為二次作用的存在，為了提高激光能量的利用率！井底堆積的雜物要及時清理。如何在不影響鉆井速度的情況下清理鉆屑，目前仍是一個技術難題。
　　3.異常壓力控制
　　湖州鉆水井：雖然激光鉆井是否到達油氣藏可以通過比能值的變化來區分，但當到達油氣藏或異常高壓地層時，大量的地層流體很可能會涌入井內，很可能會造成井噴。因此，湖州鉆水井，激光鉆井須建立完善的井控系統。
　　4.實驗室研究和現場應用之間的差距
　　湖州鉆水井：激光打孔技術的實驗室研究取得了許多成果。然而，目前實驗中使用的巖石大小在厘米級，激光作用時間僅在秒級。這不僅僅是將研究成果推廣到鉆井現場的問題。因此，當務之急是研制激光打孔樣機，然后在實際工程中做進一步的研究和改進，實現實驗室成果在實際工程中的應用。